蔡元培悄悄离开北大，离开了北京，路上没有人认识他。他 安全地到达天津，住进新旅社楼房41号。
他是在5月8日给大总统和教育总长写了辞呈以后，在晚上 11点多钟，学生们都已入睡，学校已经肃静下来，他悄然把自己 在校中的一切东西搬出，才离开北大的。次日清晨便离京赴津了。 出走之前，他只委托工科学长温宗禹代理校务，并给全校师生留 下了那个启事。待到人们从《北京大学日刊》上看到《蔡元培启 事》之时，他们已经找不到蔡校长了。
蔡元培被迫出走的消息，使师生们感到震惊和悲愤。学生们 把这个启事油印了许多份，到各学校和社会上广为散发，于是，蔡 元培辞职离校的消息立刻传遍了北京城，一些人由此产生了大厦 将倾的怆然感觉。
不过，人们都对启事所用的那典故不甚了了，不知道那是说 的什么意思。“杀君马者道旁'儿”，这指的是什么呢？
这个典故引起了不少人的猜测，有人就望文生义，做了一番 解释：这“君"，可能指的是政府，这“马”呢，那就是指的曹汝 霖、章宗祥、陆宗舆这些人了，“道旁儿”肯定是指火烧赵家楼的 那些学生。
这种解释一出来，人们便给予否定：这样说，蔡校长是把一 切责任都推到学生身上了。蔡校长绝不是这个意思，他在营救学
生之时，在警察总监面前都说过，完全由个人负全部责任，与学 生无关。在辞职报告中，他也说得十分明白，“奉职无状，久思引 退”，现在，他怎么会那样讲呢！
北大学生找到了文科教授程演生，程先生讲解了这个典故以 及启事的中心思想。程演生说：“这个典故出自《风俗通》一书， 《风俗通》上说：'杀君马者路旁儿也'，这意思是说，长吏的马养 得很肥，平日很少出来，路旁的小孩子们看见那马，都夸那马好, 骑马的人听了很是高兴，便驰驱不已，竟把那好马给累死了。”程 演生讲了这个典故的岀处之后，又说：“蔡先生用这个典故，大意 说的是，以自己现在所处的地位，如若不走，'徒循他人之观快'， 将恐溺身于害也，他取的是'积劳致死'这个意思/人们这才明白了这启事的用意。
蔡元培离开北大的那一天，同学们发现校长已经辞职离校，便 召开全校学生代表会议，会上做出决议，先以北大全体学生的名 义，呈请政府挽留蔡校长，同时向全国各界发出通电，要求声援。 那通电说：“北京大学校长蔡元培先生因受外界胁迫辞职他去，请 一致挽留。"
北大的教职员工们也行动起来了，他们派李大钊、马叙伦、马 寅初、康宝忠、徐宝璜、王星拱、沈士远等为代表，去教育部请 愿。他们找到了教育总长傅增湘。
傅增湘本就同情蔡元培的遭遇，不满意于政府的所作所为，他 很客气地接待了李大钊他们。李大钊等几位代表，面陈了挽蔡的 决心。他们说：“如果蔡校长不能留任，北大的教职员即一致总辞 职。”
傅增湘说：“蔡校长是由大总统任命的，他又是向大总统提出 呈请辞职的，因而此事必得大总统决定，我将把诸位先生的意见 转呈大总统，
与此同时，北京各大专学校和各社会团体也积极活动奔走，为挽留蔡校长做出了各种努力。听说蔡元培已去了天津，10日下午, 各校组成的27人代表团追踪去津，挽留蔡校长。到了天津，又不 知道他住在哪里，便又推举出4名代表去上海，追踪挽蔡，天津 市也派了两位代表，随同赴沪。
蔡元培虽然已经辞去校长职务，但他还是关心着北大的事情。 他十分想念北大的师生，便于10日那天，写了一封致北京大学学 生的信。信中写道：
仆深信诸君本月四日之举，纯出于爱国之热诚。仆 亦国民之一，岂有不满于诸君之理！惟在校言校，为国 立大学校长者，当然引咎辞职。仆所以不于五日即提出 辞呈者，以有少数学生被拘警暑，不得不立于校长之地 位，以为之尽力也。今幸承教育总长、警察总监之主持， 及他校长之援助，被拘诸生，均经保释。仆所能尽之责， 止于此矣。如不辞职，更待何时？至一面提出辞职，一 面出京，且不以行踪告人者，所以避挽留之虚套，而促 继任者之早于发表，无他意也。北京大学之教授会，已 有成效，教务处亦已组成，校长一人之去留，决无妨于 校务。惟恐诸位或不见谅，以仆之去职，为有不满于诸 君之意，故特在途中匆促书此，以求谅于诸君。十日，蔡 元培。 、
虽然学生和各界挽留蔡校长的通电已经发出去好几天了，北 京政府仍无明确的表示。于是，到了 5月12 H,北京各校师生代 表又在北大召开联席会议，大会决议，13日向政府提出最后询问， 如无满意答复，各校则一致罢课。
5月11日那一天，教育总长傅增湘也悄悄离异了教育部、教 育部派人四处去找，也寻觅未得。于是，北京市各专门学校校长，
统向教育部提出辞呈。13日，各校教职员联合会派出9名代表，到 总统府请愿。京、津、沪各地学界和社会团体，纷纷上书北京政 府，一致要求“维持蔡校长之地位与大学之尊严”。
由全国各地所共同发起的这场“挽蔡"斗争，成了五四运动 的一个组成部分。在这种情势下，北京政府怕酿成重大事件，便 不得不做出一些让步。
5月16日上午T1时半，蔡元培乘坐津浦路火车去上海。也就, 是在这一天，徐世昌发布了大总统指令，慰留蔡元培。次日，《北' 京大学日刊》便刊发了这项指令：
大总统指令第1332号。令北京大学校长蔡元培，呈 为奉职无状，恳请解职由呈悉。该校长弹心教育，任职 有年，值兹整饬学风，妥筹善后，该校长职责所在，亟 待认真等理，挽济艰难。所请解职之处，著勿庸议。此 令。
5月17日午后1时，蔡元培从浦口下火车渡江至南京，又从 南京上火车，当夜抵达上海，下榻于法租界天主堂街密采里旅馆。
北京政府挽留蔡元培并非真意，只是在全国民众的强大压力 下做出的一种姿态，但又耍着阴谋。在挽留蔡元培的同时，又下 了一个挽留曹汝霖、陆宗舆的命令，企图在挽蔡的名义下，把这 两个万人唾骂的卖国贼也同时保护下来。这个阴谋立刻便被全国 人民所识破，5月16日，北京成立了中等以上学校学生联合会，19 日，全市学生开始总罢课。
蔡元培到上海后，蒋梦麟、黄任之、沈信卿、赵厚生等人来 看望他，商量下一步的对策，他们报告了蔡元培离京后这几日的 动向： .
原来，15日教育总长傅增湘即被明令免职，由次长袁希涛暂 行代理部务。第二天，段祺瑞的安福系政客们又在太平湖清醇亲 王府旧邸的安福俱乐部召开会议,企图借此时机窃取教育大权。在 讨论教育总长人选时，决定以安福系的一位重要人物、现任参议 院副议长田应璜出任教育总长，以安福系的黄云鹏或吴文瀚为次 长，甚至连各司司长及各校校长的人选也都有所考虑，都是安排 的安福系的人物。这样，全国的教育大权就皆在段执政为首的安 福系股掌之中了。
在讨论北京大学校长人选时，他们竟提岀让胡钧任校长。这 胡钧是北大的一个教员，一个纯粹的势力小人，新国会开幕时就 卖身投靠了某某派。五四运动发生后，曹汝霖、章宗祥受到惊恐， 胡钧竟恬不知耻地去慰问，在他们面前大骂学生们“无理取闹 北大学生得知这个消息后，对他嗤之以鼻，给他画了一张漫画，那 漫画画的是胡钧伸出长长的舌头，去舐曹汝霖、章宗祥的屁股。学 生们把这张漫画画了若干张，张贴于各学生宿舍的墙上，使人见 而唾之。就是这样一个无耻的小人，安福系政客们竟想让他去当 北大校长。
在谈及这些事实时，蔡元培、蒋梦麟几个人深感形势之明险， 前途之可虑。
在大总统指令慰留蔡元培之后，一些大专学校的校长复职了。 16日，陈宝泉、汤尔和等几位校长联合致电蔡元培：“公去留关系 极大，万勿坚辞，为吾道留一生机。泉等现以时局艰难，暂出维 持现状，仍视公为去留。”
在这种紧急情势下，蔡元培与蒋梦麟等人商量，应发一致总 统、总理电，先稳住形势，再做下一步打算。这样，蔡元培便向 北京发出了复电：
大总统、总理、教育总长钧鉴：奉大总统指令慰留，
不胜愧悚。学生举动，逾越常规，元培当任其咎。政府果曲谅学生爱国愚诚，宽其既往，以慰舆情；元培亦何 敢不勉任维持，共图补救。谨陈下惘，仁候明示。元培。
这时，北大的学生代表已经南下抵沪，要当面劝留校长。蔡 元培便让他弟弟蔡元康去江苏教育会，与学生代表们谈判。
5月21日，蔡元培离开上海，去杭州小住。当晚，他在下榻 处会见了专程赶来的北大学生代表方豪和天津、上海的学生代表 杨、朱诸君。
就在这一天，国务院和教育部发来了挽留号电。国务院电云:
上海蔡孑民先生鉴：来电诵悉。我公慨任维持，热 诚至佩，群望所属，固企德音。此次学生举动，逾越常 轨，深堪饨惜。政府办理此事，本属持平，外间谣传，并 非事实。前车来轸，群议纷庞。仁盼行旌，迅资整理。院 号印。
教育部代理总长袁希涛致蔡元培的电报云: .
上海蔡鹤卿先生签：来电敏悉。顷竭首揆，述及学 生前事，政府并无苛责之意。深望我公早日回就，主持 校务，以慰众望，昌胜盼祷。希涛号印。
虽然学生和教师们屡来挽留，国务院和教育部又有此挽留号 电，但蔡元培心中却十分冷静镇定，他并不急于做出下一步决定, 他还要静观时局的发展。因为，他已经深深地感到事情的复杂性, 也看到各派政治力量角逐的尖锐性。爱国的学生、教师和社会团 体是一方，而代表政府的府院及教育部，其内部又充满着矛盾斗 争，权利的明争暗斗已经露出了许多端倪，让人们一眼就可以看出。拥戴段祺瑞的安福系政客们正在插手此事，形势就变得更为 复杂多变了。
此时，北京的形势更为微妙。也是在这一天，北京大学的教 职员们在法科大礼堂召开全体大会，大家纷纷陈词，谴责安福系 政客们欲窃取教育部和北大权利的企图。会上做岀决议：“誓不承 认田应璜之流为教育部长，吴文瀚之流为教育次长，以贻教育界 莫大之毒。”他们派了代表去见国务总理钱能训。学生的行动则更 为激烈，他们派代表去两院和两府，要求取消以前的决议，并下 了哀的美敦书，声言：若田应璜等人胆敢冒然登台，学生将采取 极端行动对付之。
学生们的愤然行动，使北洋政府的大人先生们很是不安，学 生们还在罢课，教育部次长袁希涛亲赴北京大学，召集北京各专 门以上学校校长在这里开会，希望校长们去做学生的疏通工作，让 学生复课。但他在那里空等了一阵，校长们一个也没有到会，他 只好悻悻而归。他又跑到中等以上学校学生联合会，亲自与学生 代表会谈，劝他们复课。但学生们根本不听他的话，愤愤地说： “不惩办卖国贼，不请蔡校长回来，我们决不上课。'‘
在罢课期间，学生们纷纷走上街头发表演讲，北大平民教育 讲演团表现得最为活跃，很多同学都参加了。讲演团的主持者张 国煮、邓康等人率领着同学们在北京城的各个地方进行演讲，杨 慧修、朱自清、孙伏园等人都是积极分子。他们宣传爱国思想，抵 制日货。城外的清华学校也在西郊开展了相应的活动。
5月26日，蔡元培又复电国务总理和教育总长：“北京国务总 理、教育总长鉴：号电敬悉，卧病故乡，未能北上。元培。宥。”
就在此时，北京政府向北京和各省地方官下达了镇压学生爱 国运动的密令：
近日京师及外省各处，辄有聚众游行、演说、散布
传单情事。始因青岛问题，发为激切言论。继則群言泛 滥，多轶范围，而不逞之徒，复借端构煽，淆惑人心。著 责成京外该管文武长官削切晓谕，严密稽查。如再有前 项情事，务当悉力制止。其不服制止者，应即依法逮办， 以遏乱萌。京师为首善之区，尤应注意。前已令饬该管 长官等认真防弥，著即恪遵办理。倘奉行不力，或有疏 虞，职责攸归，不能曲为宽假也。
这密令一下，各地便开始了对局势的控制。在北京街头，荷 枪实弹的巡逻兵来来往往，驱散演讲者和听众，北京顿时被白色 恐怖所笼罩。在其他各地，也是这种情况。
到6月3日，便开始公开的大逮捕。这一天是农历端午节的 第二日，上午，各校派出的数百名学生出去讲演。讲演刚刚开始， 就来了大批的军警马队，把听讲的群众冲散，开始抓捕讲演的学 生。到了晚上，被抓去的学生有170多人，其中百分之八十为北 大学生。被抓去的学生，囚禁在北大法科的讲堂里。整整一天，这 些学生连一口凉水都没有喝到。夜里，天气骤变，阴云密布，雷 雨大作，突然变得特别寒冷，一些体弱的同学得了病，也没有人 管。
第二天，学生们又分成了许多小组，化整为零，腰中藏着小 白旗，走到预定处所，突然掏出旗子，就地讲演。但是，派来的 军警太多了，刚一演讲，那马队就冲了过来，乱踩乱踏，把学生 逮走，送到北大法科囚禁起来。北大三院的法科校舍，已被大批 军警包围，并在校门两边搭起了 20个帐篷，驻扎了军队。到6月 6日晚，这里拘禁的学生已达700余人。这里容纳不下，又移一部 分到马神庙去。于是，北大理科校舍也成了临时监狱。
但学生们并不惧怕，反而爆发了更大的爱国热情。这一天，就 出动二千多人岀去讲演。出去的时候，学生们背着小行李卷，连洗漱用具也都带上，以防不时之需，他们做好了坐牢的准备。 北京中等以上学校学生联合会向全国各界发出《宣言》，通电 全国：
各省议会、教育会、商会、农会、工会、各学校、各 报馆钧鉴：学生等以内除国贼、为外争国权之资，爰有 五四运动。其后事理纷纠，三失望踵至，不得已而致于 罢课。寒巧二电之宣言，言之详矣。皓日以后，政府极 端威压，干涉交通，推残舆论，学生等遂坐困于北京。然 以三失望未复，绝不以时迁而气馁。先日两令，其一以 劝学诱学生，以法纪威学生。是固因学生之所求而未得 者也，勿庸深议。其一涉于外交，直不啻为国仇示私恩， 为国成作辩护。直欲以一纸空文，掩尽天下耳目。而谓 外交繁重，责在当局，则直灭弃民主国之精神，直欲任 少数官吏使其包办。卖国贼曹汝霖、章宗祥、陆宗舆等
之挟持于内，概可知矣。夫国贼不除，则外交之挽救无 望；国权不复，则世界之永久和平难期。学生等之于国 贼，人知其非有私怨。而必欲除之而后快者，非仅为国 家计，亦正为正义人道计也。为国家及正义人道计者，宁 肯避难。肴日（三日）以来，恢复雾天讲演，被捕者178 人，军警横加虐待，肴电已陈其概。豪日（四日）被捕 者700余人。今日明日，有加无已。是即明知其难而故 蹈之也。学生等方当求学，惟知有其理可。真理所在，死 生以之。求仁得仁，又何怨乎；用布区区，伏维亮鉴。北 京中等以上学生联合会叩。
住在杭州的蔡元培得知这些情况之后，忧心如焚，他深知目 前情势之紧急，但又无法插手其事。6月4日，他离开了下榻的亲
戚家，迁居西湖边的杨庄，住在朋友家中。他甚至想就此归隐山 林，过传统文人的生活。为了排遣心中的忧愤，他开始翻译摩曼 的《现代美学》和齐融安的《别格逊哲学》。
6月6日，大总统徐世昌任命胡仁源为北京大学校长，这立刻 引起了北大师生和整个学界的强烈反对。既然不久前政府还致电 挽留蔡校长，为什么现在又别派人去，这不是耍了一个阴谋吗？愤 怒的学生也想出了办法来对付反动政府，他们一方面抵制胡仁源 来校任职，一方面又联合各校学生往总统府门去痛哭，并各自带 着行李在那里露宿。
此后，为了声援北京学生的爱国行动，上海等地开始了学生 罢课，工人罢工，商人罢市。这场烈火迅速烧遍了神州大地，各 地纷纷起来响应。北京政府这才慌了手脚，只得向人民群众妥协。
6月9日，蔡元培患了胃病，身体不适，恰值北大学生许德布、 蒋之龙、李梧桢等人来访，便以病为由，辞而不见。后来，他便 以其弟蔡元康的名义，写了一个谢绝一切来访的启事，登在报纸 上，那启事说：
孑民家兄回里以后，胃疾时发，近日病势忽增，神 经非常衰弱，医友切嘱，非屏绝外缘，静养半年，恐难 复原。现正紧要关头，不许见客，并不许传阅函电，因 而到浙访问者，均不免徒劳往返；一切函件，亦均不能 即有答复。特代声明，请求原谅。蔡元康。
这个启事登岀后，蔡元培便杜绝了与外界的接触，专心译著， 但实际上他是一天也没有离开过这场斗争，他仍是密切关注着事 态的发展。
就在蔡元康发表启事的这一天，北京政府又免去了胡仁源的 北京大学校长职务，把他调到教育部去。此后，由政府和教员联合会、学生联合会和北京大学各推代表，赴浙江劝驾，请蔡元培 回京主持北京大学。
6月22日，北京教职员联合会、学生联合会、北大师生以及 教育部的代表汤尔和、马裕藻、熊梦飞等人，到杭州迎接蔡元培 回京复任。但蔡元培仍不想回去复职，他又给国务总理和教育总 长各发了一封电报，再次提出辞职。经过各方面的斡旋，到了 7月 9日，蔡元培才又致电教育总长、全国学联和北京学联，表示一俟 胃病痊愈，即北上复职。过了几天，北大学生“挽蔡”代表再次 来杭州劝驾，蔡元培与他们会见时，表示了对北大校务的严重关 切，后来，他便委托蒋梦麟暂行代理执行北大校务。
7月23日，蔡元培在《北京大学日刊》上发布了如下的启事：
蔡校长启事
本校教职员诸君公鉴：元培因各方面督促，不能不
回校任事。惟胃病未愈，一时不能到京。今请蒋梦解教 授代表，已以公事图章交与蒋教授。嗣后一切公旗，均 由蒋教授代为签行。校中事务，请诸君均与蒋教授接洽 办理。特此奉布并颂公绥。蔡元培敬启。
他同时又给教育部发电，申明此事。
与此同时，蔡元培又发表了《告北大学生暨全国学生书》，这 封公开信，对学生的爱国热情给予了充分肯定和高度赞扬：“诸君 自5月4日以来，以唤醒全国国民爱国之起见，不惜牺牲神圣之 学术，以从事于救国之运动；全国国民，既动于诸君之热诚，而 不敢自外，急起直追，各尽其一分子之责任。” “诸君唤醒国民之 任务，至矣，尽矣，无以复加矣！自今以后，愿与诸君共同尽瘁 学术，使大学为最高文化中心，定吾国文明前途百年大计。诸君 与仆等，当共负其责焉
此时，迫于压力，北京政府忍痛免去了众人痛恨的卖国贼曹 汝霖、章宗祥、陆宗舆的职务。中国参加巴黎和会的代表，也拒 绝在巴黎和约上签字。“五四”爱国运动的直接目标算是达到了， 运动取得了初步胜利。
8月2日，教育部令准蔡元培所请，由蒋梦麟代理主持北大校 务.
这蒋梦麟是浙江余姚人，生于1886年，早年赴美留学，1917 年获哥伦比亚大学研究院哲学博士学位，回国后创办《新教育月 刊》，后又任北京大学教授，在北大是个很活跃很有影响的人物。 蔡元培推荐他为北大代理校长，从此，蒋梦麟便同北大有了须臾 不可分离的亲密关系，蔡元培离开北大以后，他就继任为校长，后 又任西南联大的校务委员会常委。此是后话。
这时候，学校已经复课，社会上也暂时安定了下来。蒋梦麟 暂行主持北大校政之后，一切均按照原制，学校渐渐恢复了正常 的教育秩序，并开始了新学年的招生工作。
9月10日这一天，蔡元培离开杭州，12日深夜到达北京。到 北京后，教育部次长就去东堂子胡同蔡宅拜望。9月16日，蔡元 培又在《北京大学日刊》上发布了公告：
本校教职员诸先生公鉴：开学在即，元培受各方面
督促，不能不勉强北来，已于本月12日抵京，旅行劳顿，
胃疾又发，现尚不能出门；定于20日（开学日）到校办 事。届期再当与诸先生晤商一切，敬希鉴谅，并颂公绥。
蔡元培启。
蔡元培回校，不仅是北京大学的一件大事，在全国也是颇为 令人瞩目的事，大家皆翘首以待。而且，这件事的确显示了学界 的胜利，公理的胜利，正义的胜利，民主的胜利。
9月20日，是北大新学年开学的日子。上午，全体学生和教 职员，在三院法科大礼堂，先行召开了欢迎蔡校长回校大会，以 后再开开学典礼大会。这一天，到会者达数千人，大家情绪热烈, 欢欣鼓舞，人人脸上都抑制不住愉快和激动之情。
欢迎会分两部进行。学生的欢迎会由张国煮任主席，方豪致 欢迎词，蔡元培致答词。教职员的欢迎会，由马夷初教授任主席 并致欢迎词，蔡元培致答词。在两次致答词中，蔡元培都谈到了 这样一个问题。他说：“五月间为国权问题而运动，牺牲学业，尚 算值得。后来为校长问题，又纷扰了一两个月，实为可惜。德国 的大学，每年换一校长，由神学、医学、法学、哲学四科的教授 轮值，从来不生问题。我们鉴于此次校长问题的纠纷，也要做到 教授治校的方式。拟设评议会，由各系教授推出评议员组织之了 这是他最近想到的问题。
随后，就是开学典礼，由校长主持并致训词，蔡元培又重申 了他常讲的那句话：“本校非出卖文凭及死知识之机关，乃为研究 学问之地方。'‘这当然主要是对新生们讲的。
第二天，蔡元培又去参加北京中等以上教职员联合会举行的 欢迎会，在会上发表了演说。
自此，五四运动即已过去，一切又恢复了正常秩序。